В 1104 князь Торос Первый, с помощью армянских войск освободили Сис. Князь Млех восстановил и реконструировал его и в 1173 году объявил его столицей Киликийской Армении. Сис был полностью реконструирован, были добавлены и укреплены стены, обогащены с королевскими зданиями и другими сооружениями Левоном Б.Мецагорцом.
В октябре 1266 года султан Египта Бибарс напал на Киликию с многочисленными войсками, завоевал Сис, но ему так и не удалось завоевать крепость Сиса. Его войска разрушили и уничтожили город, ограбили сокровища. В 1270 году город был восстановлен и реконструирован. В 1275 году войска египетских мамлюков пытались завоеванной Сис еще раз, но благодаря армянским войскам с руководством Смбата Гундстабла, они были схвачены. После этого, Сис переживал относительно мирный период в течении почти одного века. В 1360 году в 60,000 войска египетских мамлюков снова завоевали Сис.